Depois de conseguirem a sua classificação para a próxima fase do Campeonato Brasileiro da Série D 2016 (leia aqui), Juazeirense e Flu de Feira conhecem os seus adversários na primeira etapa de mata-mata do certame nacional.
Enquanto o Touro do Sertão enfrenta o Sete de Dourados-MS, o Cancão de Fogo joga contra o São Raimundo-PA, equipe que já faturou a quarta divisão nacional em sua primeira edição. Os dois times abrem a fase dentro de casa e decidem a vaga no estádio do time rival. Caso passe de fase, o Fluminense enfrentará o vencedor de Aparecidense-GO ou Ceilândia-DF. Já o Juazeirense terá pela frente o classificado entre Moto Club-MA ou Águia de Marabá.
As datas dos confrontos ainda não foram conhecidas. Para se classificarem à próxima fase, os dois times precisam superar os seus adversários no placar agregado ou conseguir um maior número de gols fora de casa em caso de resultado de igualdade na soma dos jogos.
Confira abaixo os confrontos da segunda fase da Série D 2016:
| Jogos de Ida | Jogos de Volta |
| Náutico-RR x Atlético-AC | Atlético-AC x Náutico-RR |
| Palmas-TO x Princesa do Solimões-AM | Princesa do Solimões-AM x Palmas-TO |
| Juazeirense x São Raimundo-PA | São Raimundo-PA x Juazeirense |
| Moto Club-MA x Águia-PA | Águia-PA x Moto Club-MA |
| América-PE x Altos-PI | Altos-PI x América-PE |
| Parnahyba-PI x CSA-AL | CSA-AL x Parnahyba-PI |
| Campinense-PB x Globo-RN | Globo-RN x Campinense-PB |
| Itabaiana-SE x Uniclinic-CE | Uniclinic-CE x Itabaiana-SE |
| Aparecidense-GO x Ceilândia-DF | Ceilândia-DF x Aparecidense-GO |
| Flu de Feira x Sete de Dourados-MS | Sete de Dourados-MS x Flu de Feira |
| URT-MG x Volta Redonda-RJ | Volta Redonda-RJ x URT-MG |
| Anápolis-GO x Caldense-MG | Caldense-MG x Anápolis-GO |
| Brusque-SC x São Bento-SP | São Bento-SP x Brusque-SC |
| Espírito Santo-ES x JMalucelli-PR | JMalucelli-PR x Espírito Santo-ES |
| Caxias-RS x Inter de Lages-SC | Inter de Lages-SC x Caxias-RS |
| Linense-SP x Ituano-SP | Ituano-SP x Linense-SP |